但两药也有差别：人参健脾丸还含有山药、陈皮、砂仁加强健脾和胃作用;人参归脾丸另有龙眼肉、炙甘草补血和营。另外，二者所含同样药物的用量也有所不同：人参健脾丸重用黄芪、山药，意在健脾益气;人参归脾丸重用当归、人参养血益气。
以上药量的不同决定上述两药的功用也不相同。人参健脾丸健脾益气，和胃止泻。主要用于脾胃虚弱引起的饮食不化，恶心呕吐，腹痛便溏，不思饮食，体弱倦怠。
人参归脾丸益气补血，健脾养心。主要用于心脾两虚，气血不足所致的心悸，失眠健忘，食少体倦，面色萎黄所致的便血、崩漏、带下诸症。
需要提醒的是，无论服用人参健脾丸还是人参归脾丸，均应在医生指导下对症用药，不可随意滥服，以免并发他症。同时，把“二丸”作为保健品长期服用的做法也是不可取的。